HİLAL ÖZTÜRK, NURİ YORULMAZ
Ağrı Tıp Fakültesi Dergisi - 2025;3(2):54-61
Amaç: Agmatin beynin hemen her yerinde eksprese olan ve modülatör olarak görev yaptığı düşünülen bir nörotransmiter olarak kabul görmektedir. Uyarılabilirlik ve aşırı uyarılabilirlik gibi fizyolojik ve patolojik durumlarla alakalı glutamaterjik iyon kanallarıyla etkileştiğine dair kanıtlar vardır. Bu çalışmada, nöbet ile ilişkili iyon kanallarının (KAR’lar, AMPAR’lar ve NMDAR’lar) agmatin ile olası ilişkileri moleküler docking yöntemi kullanılarak tartışılmaktadır. Gereç ve Yöntem: Glutamaterjik iyon kanallarına ait bilgiler Protein Data Banktan alındı. Kainat reseptörleri için 1YCJ, AMPA reseptörleri için 1FTM ve NMDA reseptörleri için 5EWJ kodlu protein XRD görüntüleri kullanıldı. Agmatin ve iyonotropik glutamat reseptör inhibitörleri olan topiramat, AMPA ve ifenprodilin 2D yapıları NCBI Pubchem ’den .sdf formatı olarak alındı. Auto Dock 4.2.6 yazılım programı kullanılarak simülasyon çalışmaları gerçekleştirildi. Bulgular: KAR, AMPA ve NMDA reseptörlerini sırasıyla bloke ettiği bilinen topiramat, AMPA ve ifenprodil için bağlanma bölgeleri ve bağlanma enerjileri belirlendi. Agmatinin bu reseptörlere bağlanma enerjisi referans moleküllerle kıyaslanarak verildi. Bu durumda agmatininKARlara bağlanma enerjisi -5.73 kkal/mol, AMPAlar için -5.41 kkal/mol ve son olarak NMDAlar için -4.01 kkal/mol olarak hesaplanmıştır. Ayrıca bu reseptörleri aktive ettiği bilinen glutamat molekülünün bağlanma enerjileri ile agmatin bağlanma enerjileri kıyaslandığında yakın enerji değerleri elde edilmiştir. Sonuç: Tüm bu değerlendirmeler göz önüne alındığında, Agmatinin sahip olduğu zayıf bağlar sonucu iyonotrofik glutamat reseptörleri AMPAR, KAR ve NMDAR’ı yapısal olarak bloke etme kabiliyetine sahip olmadığı söylenebilir. Bununla beraber glutamat bağlanmasına yakın bağlanma enerjileriyle kanala bağ kurma yeteneğine sahip gözükmektedir. Agmatinin reseptöre glutamat bağlama yerinden bağlandığını ancak reseptörü aktive etmek yerine glutamatın bağlanmasını bloke ederek reseptörün aktive olmasını engellemiş olabileceğini düşünüyoruz.
