NURBANU YAŞAR, SEDA TEZCAN ÜLGER, MAHMUT ÜLGER, AHMET ARSLANTÜRK, GÖNÜL ASLAN, FATİH KÖKSAL
Mikrobiyoloji Bülteni - 2023;57(1):45-59
Etambutol (EMB), Mycobacterium tuberculosis kompleksi (MTC)’nin neden olduğu tüberküloz (TB) hastalığının standart kombinasyon tedavisinde kullanılan birinci seçenek ilaçlardan biridir ve tedavide anahtar rol oynayan ilaçlara karşı direnç dünya genelinde artmaktadır. EMB direncinden, embCAB operonundaki dirençle ilişkisi doğrulanmış mutasyonlar sorumlu tutulmaktadır. Bu çalışmada, fenotipik olarak EMB’ye dirençli ve duyarlı olduğu saptanan klinik MTC izolatlarında embA, embB ve embC gen bölgelerinde meydana gelen mutasyonların sıklığının ve paternlerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya geleneksel fenotipik ilaç duyarlılık testi ile EMB dirençli 44 ve EMB, izoniyazid, rifampisin ve streptomisine duyarlı 20 olmak üzere toplamda 64 adet MTC izolatı dahil edilmiştir. DNA izolasyonu sonrası, EMB direnci ile ilişkili embA, embB ve embC gen bölgeleri özgül primer dizileri ile amplifiye edilmiştir. Elde edilen PCR amplifikasyon ürünleri, ’Bigdye Terminator v3.1 Cycle Sequencing kit’ (Applied Biosystems, ABD) kullanılarak döngü dizileme yapılmıştır. Reaksiyon ürünlerinin elektroforez işlemi ABI PRISM 3130XL Genetic Analyzer (Applied Biosystems, ABD) otomatize DNA dizi analizi cihazında gerçekleştirilmiştir. Dizi analizi verileri çoklu dizi analiz programlarında hizalanarak mutasyona uğramış gen bölgeleri belirlenmiştir. Çalışmada EMB dirençli izolatların %68.2 (30/44)’sinde embCAB operonunda genomik mutasyonlar saptanmıştır. Dirençli izolatların %66 (29/44)’sında embB gen bölgesinde mutasyon saptanmış olup, bu mutasyonların %76 (22/29)’sının 306. kodon pozisyonunda olduğu ve bu kodonda en yaygın saptanan mutasyon paternlerinin ATG→GTG (M306V; %58.6; 17/29), ATG→ATA, ATC veya ATT (M306I; %17.2; 5/29)’ye dönüşüm şeklinde olduğu belirlenmiştir. embB gen gölgesinde saptan diğer mutasyonlar; Y334H (%3.4; 1/29), D354A (%6.9; 2/29), E378A (%3.4; 1/29), G406C (%3.4; 1/29), M423I (%3.4; 1/29) ve E521A (%3.4; 1/29) olarak belirlenmiştir. EMB dirençli 44 izolatın birinde (%2.3) embA gen bölgesinde (L330L) ve ikisinde (%4.5) embC gen bölgesinde (bir izolatta T270I ve diğer izolatta T270I ve E305E) mutasyon saptanmıştır. Fenotipik olarak EMB duyarlı izolatların ise sadece birinde (%5) embA gen bölgesinde (E180G) mutasyon saptanmıştır. Yaptığımız çalışmada EMB dirençli MTC izolatlarında mutasyonların sıklıkla embB geni 306. kodonda oluştuğu tespit edilmiştir ve EMB direncinin gelişmesinde bu mutasyonun potansiyel rolü bulunmaktadır. Ancak mutasyonların olmamasının fenotipik EMB direncini dışlamayacağı sonucuna varılmıştır. Sonuçlar, ülkemizde EMB direncine neden olan embCAB operonu mutasyonlarının moleküler epidemiyolojisinin aydınlatılmasına ışık tutacaktır.
