Gülçin Çakan Akdoğan
Anatolian Journal of General Medical Research - 2025;35(3):321-329
Amaç: Keratan sülfat proteoglikanlar (KSPG'ler), kanserdeki rolleri en az çalışılmış proteoglikan grubudur. KSPG'lerin çeşitli işlevleri bilinmekle birlikte, KSPG etkileşim ağı (interaktom) bugüne kadar tanımlanmamıştır. Bu çalışmada, KSPG interaktomunun tanımlanması ve yayımlanmış veri setleri ile biyoinformatik analiz araçları kullanılarak kanser hastalarında prognostik açıdan önemli biyobelirteçlerin belirlenmesi amaçlanmıştır. Yöntem: STRING veritabanı keratokan (KERA), lumikan, fibromodulin ve osteoglikan merkezli bir KSPG interaktomu oluşturmak için kullanılmıştır. Veri analizlerinde STRING, Xena Browser, Gene Set Cancer Analysis Platform ve SmulTCan araçları kullanılmıştır. Bulgular: 56 proteinden oluşan bir KSPG etkileşim ağı keşfedilmiştir. Hücre dışı matriks (HDM) organizasyonu, PI3K-AKT sinyal yolu, HDM-reseptör etkileşimleri ve nikotinamid metabolizması interaktomda zenginleştirilmiş yollar arasında bulunmuştur. Glmnet ile yapılan çok değişkenli prognostik modelleme, böbrek renal papiller karsinom (KIRP) hastalarında yedi genlik bir prognostik imza ortaya koymuş; bu imza, hastaları güçlü prediktif doğrulukla (eğri altındaki alan %78,9) farklı risk gruplarına ayırmıştır. Bu analizde KERA kötü prognoz biyobelirteci olarak, nikotinamit mononükleotit adenililtransferaz 1 (NMNAT1) ise koruyucu bir biyobelirteç olarak öne çıkmıştır. Sonuç: Bu çalışma, mevcut veri setlerinin protein interaktom keşfi ve kanser prognostik genlerinin belirlenmesinde nasıl kullanılabileceğini gösteren bir metodoloji sunmaktadır. Çalışma sonucunda kapsamlı bir KSPG interaktomu tanımlanmıştır. Bu, KERA ve NMNAT1'ın KIRP prognozu ile ilişkilendirildiğini gösteren ilk rapordur.
