SÜLEYMAN YALÇIN, AYŞE HANDE TÜRK, HAKAN FARZİN MEHMETZADE, SAFA KEREM AYDIN, EKREM SAĞTAŞ
Türk Hijyen ve Deneysel Biyoloji Dergisi - 2025;82(2):311-322
GİRİŞ ve AMAÇ: Bu çalışma, Sanger dizileme ve üçüncü nesil 16S rRNA sekanslama yöntemlerinin, aynı primer ve belirli PCR koşulları altında dört Amerikan Tip Kültür Koleksiyonu (ATCC) suşu kullanılarak doğru şekilde bakterileri tanımlama yeteneklerini karşılaştırmalı olarak değerlendirmeyi amaçlamaktadır. Bu bağlamda, her bir yöntemin, cins ve türleri önceden doğrulanmış ve bilinen saf kültürlerden bakterileri doğru ve kapsamlı bir şekilde tanımlama kapasitesi değerlendirilmiştir. YÖNTEM ve GEREÇLER: Çalışmada, iki farklı sekanslama yönteminin karşılaştırılabilmesi amacıyla aynı primer setleri ve PCR koşulları kullanılmıştır. Sanger dizileme yönteminde 16S rRNA bölgesini kapsayan sekiz primer kullanılırken üçüncü nesil 16S rRNA sekanslama yönteminde aynı bölge için 2 primer kullanılmıştır. Ham veriler, Sanger Dizilemede GeneStudio yazılımında, üçüncü nesil 16S rRNA sekanslama yönteminde ise uygun biyoinformatik iş akışı ile analiz edilmiştir. BULGULAR: Analiz sonuçları, üçüncü nesil 16S rRNA sekanslama yönteminin Sanger dizilemeden daha kapsamlı ve verimli bir şekilde tam 16S rRNA bölgesini profilleyebildiğini göstermiştir. Üçüncü nesil 16S sekanslama yöntemi, primer gereksinimlerini azalttığı ve primer bağlanma bölgelerinde dizi kaybını en aza indirdiği gibi, işlem süresini günlerden saatlere düşürerek dakikalar içinde hızlı, yüksek verimli dizileme olanağı tanımaktadır. Buna karşın, Sanger dizilemenin tek okuma doğruluğu yüksek olmasına rağmen, uzun işlem süresi ve düşük verimliliği nedeniyle geniş kapsamlı uygulamalar için daha az uygun olduğu belirlenmiştir. TARTIŞMA ve SONUÇ: Bu çalışma, üçüncü nesil 16S sekanslama yönteminin yüksek çözünürlüklü mikrobiyal analizler için daha hızlı, daha kapsamlı ve daha etkili bir seçenek olduğunu ortaya koymaktadır. Sanger dizileme, yüksek tek-okuma doğruluğu sayesinde belirli durumlarda hâlâ değerli bir araç olarak kabul edilse de, yavaşlığı ve sınırlı kapsama alanı nedeniyle daha geniş uygulamalar için yetersiz kalmaktadır. Elde edilen bulgular, üçüncü nesil 16S sekanslama yönteminin mikroorganizmaların karakterizasyonunda güvenilir ve ayrıntılı bir yaklaşım sunduğunu vurgulamakta ve çeşitli mikrobiyal uygulamalarda sağladığı avantajlara dikkat çekmektedir.
