OZKAN BAGCİ
Genel Tıp Dergisi - 2025;35(4):746-758
Amaç: Bu çalışmada, 13 ALL, 19 AML, 14 KLL ve 15 KML hastasının kemik iliği örneklerinin NGS analizi ile epigenetik düzenlemede rol oynayan DNMT3A, TET1, TET2, IDH1, IDH2, ASXL1 ve SETBP1 genlerinde somatik mutasyonların varlığının araştırılması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem:13 ALL, 19 AML, 14 KLL ve 15 KML hastasının kemik iliği örneklerinden DNA izolasyonu gerçekleştirilmiş ve dizi analizi için Kapa NGS DNA ekstraksiyon kiti kullanılmıştır. Elde edilen DNA’nın saflığı ve konsantrasyonu Qubit floremetre ile ölçülmüş, yüksek kalitede kütüphane hazırlanması için NadPrep DNA Universal Library Preparation Kit kullanılmıştır. Çalışmadan elde edilen verilerin biyoinformatik analizi, Roche Diagnostics tarafından NGS çözümleri için sağlanan portal aracılığıyla gerçekleştirilmiştir. İlgili genlerde tespit edilen varyantların patojenite durumu ACMG sınıflandırmasına göre yapılmıştır. Bulgular: ALL tanısı alan 13 hastanın bir hasta hariç, kalan hastaların tamamında en az bir gende varyasyon saptandı. 7 gen arasından en fazla distinct varyant TET3 geninde saptanmış olup tamamı ACMG klasifikasyonuna göre VUS varyantıydı. AML tanısı alan 19 hastada ilgili genler arasında en fazla distinct varyantın saptandığı gen TET3 olup tüm varyantları VUS sınıfındaydı, sonrasında sırasıyla TET2 ve ASXL1 genleri gelmekteydi. AML hastalarının 4’ü hariç diğer hastalarda en az bir gende varyant saptanmıştı. KLL tanısı alan 14 hastanın 4’ünde herhangi bir varyant saptanmadı. Kalan hastalarda ilgili genlerden en az birisinde varyant saptandı. KML tanısı alan 15 hastadan birisinde ilgili genlerde herhangi bir varyant saptanmadı. Kalan hastalarda ise ilgili genlerin en az birisinde varyant saptandı. KML hastalarında en fazla distinct varyant saptanan genler sırasıyla TET3, ASXL1 ve SETBP1 genleriydi Sonuç: Çalışma örneklemini oluşturan tüm lösemi alt tiplerinde ilgili genlerden en az bir varyant saptanmıştır. Çalışmamızda başlıca lösemi alt tiplerinde olan hasta gruplarından en az bir hastada DNMT3A geninde c.856-2A>T varyantı saptanmıştır. Bu durum ilgili varyantın hematopoietik kök hücre süreçlerinde bu genin önemli bir rol oynayabileceğini düşündürmektedir.
