MURAT KAYA
Genel Tıp Dergisi - 2024;34(4):458-464
Amaç: MikroRNA’ların (miRNA’ların) hücre çoğalması, göç, istila ve metastaz gibi süreçlerde önemli roller oynayarak kanser gelişimine katkıda bulunduğu gösterilmiştir. Meme kanserinde (MK) en ciddi sorunlardan biri ilaç direncidir. Son araştırmalar, miRNA’ların ilaç direncinde rol oynayabileceğini öne sürmektedir. Çalışmamızda çeşitli veri setleri ve in silico yaklaşımlar kullanılarak MK/ilaç direnci/ miRNA bağlantısı araştırılmıştır. Gereç ve Yöntem: Geo veritabanından GSE73736 ve GSE71142 veri setleri (miRNA’lar için) ve GSE162187 veri seti (genler için) indirilerek R yazılımı “LIMMA” paketi aracılığıyla farklı şekilde ifade edilen miRNA’lar ve genler tespit edilmiştir. Farklı şekilde eksprese edilen miRNA’ların (DE-miRNA’lar) potansiyel hedef genleri, miRMap, miRTarbase ve miRNet araçları kullanılarak tahmin edildi. İfade düzeyi farklı olan genler (DE-genler) filtrelenmiş olup TCGA verileri ve miRNet’te ortak olan genler belirlenmiştir. Daha sonra GO ve KEGG ilişkilendirme analizleri Enrichr ve Funrich araçlarıyla yapılmıştır. Hub miRNA ve genlerin ekspresyon düzeyleri ve prognostik etkileri KMplot ve GEPIA2 web araçları kullanılarak araştırılmıştır. Bulgular: MK’da önemli ölçüde ifadesi azalmış ve prognostik önemi olan 3 miRNA tespit edilmiştir. MK ile daha yakından bağlantılı olabileceği düşünülen miR-586’nın, MK’nın tedaviye direncinde rol oynayan 5 geni hedefleme potansiyeline sahip olduğu görülmüştür. GO ve KEGG analizlerinde, miR-586’nın olası hedef genlerinin MK ile yakından ilişkili olabileceği gösterilmiştir. Sonuç: Bu çalışmada kapsamlı bir MK ilaç direnci-miRNA-gen ağları araştırılmıştır. Çalışmada biyoinformatik veriler kullanılarak MK’nın tedavi ve prognozuna yönelik yeni veriler ortaya çıkarılmıştır.
