Berrin OZDIL, Yasemin ADALI, Yasemin BERBEROGLU, Irmak TUTAK, Aylin KOSELER, Huseyin AKTUG
Ege Tıp Dergisi - 2026;65(1):55-67
Amaç: Otofaji ve apoptoz, hücresel homeostazın korunmasında kritik bir rol oynayan kritik programlanmış hücre ölüm yollarıdır. Bu süreçlerin düzensizliği genellikle kanser gelişimi ve ilerlemesinde rol oynar. Amacımız, murin akciğer karsinomu hücreleri ile malign olmayan fibroblastlar arasındaki anahtar otofaji ve apoptozla ilişkili genlerin ekspresyon profillerini karşılaştırmak ve in silico analizler kullanarak düzenleyici etkileşimlerini değerlendirmektir. Gereç ve Yöntem: KLN-205 murin akciğer karsinomu hücreleri ve fare derisi fibroblastları (MSF) standart koşullar altında kültüre edilmiştir. Atg7, SQSTM1, Beclin-1, Kaspaz-3, Kaspaz-8, Kaspaz-9, Bax ve Bcl-2'nin mRNA ekspresyon seviyeleri RT-qPCR ile ölçülmüştür. Normalize edilen veriler 2-DeltaDeltaCT dönüşümü kullanılarak analiz edilmiş ve gruplar arasındaki istatistiksel farklılıklar eşleşmemiş t-testleri ile değerlendirilmiştir. Temel bileşen analizi (PCA) ve STRING veri tabanı kullanılarak protein-protein etkileşimi (PPI) ağlarının oluşturulması dahil olmak üzere daha geniş ekspresyon modellerini ve moleküler etkileşimleri keşfetmek için in silico analizler yapılmıştır. Bulgular: MSF'ye kıyasla KLN-205 hücrelerinde Atg7'de anlamlı bir aşağı regülasyon gözlenmiştir (p <0.05). PCA, iki hücre tipinin farklı kümelenmesini gösterirken, volkan grafikleri ve ısı haritaları transkripsiyonel farkın varlığını desteklemiştir. STRING ağ analizi, otofaji ve apoptoz düzenleyicileri arasında, Beclin-1 ve Kaspaz-3'ün ana ağ merkezleri olarak kompakt etkileşimleri ortaya çıkarmıştır. Zenginleştirme analizleri, 'Otofaji', 'Apoptoz', 'p53 sinyali' ve 'Mitofaji' gibi aşırı temsil edilen yolakları belirlenmiştir. Sonuç: Çalışmamız, murin akciğer karsinomu hücrelerinde otofaji ve apoptoz yolaklarının koordineli transkripsiyonel modülasyonunu vurgulamaktadır. Atg7'nin belirgin aşağı regülasyonu ve diğer anahtar genlerin değişmiş ekspresyonu, otofajik mekanizmanın fonksiyonel olarak baskılanmasını ve hücre ölümü regülasyonunun yeniden şekillenmesini önermektedir.
