Mehmet SARIHAN, Murat KASAP, Gurler AKPINAR
Acta Medica Nicomedia - 2026;9(1):1-8
Bu çalışma, MS tabanlı proteomik analizlerde protein tanımlama, peptit kapsamı ve nicel doğruluk üzerindeki protein veri tabanı bileşimi, boyutu ve hücre altı özgüllüğünün etkisini değerlendirmektedir. HeLa hücreleri kullanılarak tüm proteomik analizler gerçekleştirilmiştir. Veri bankası seçiminin miktar tayini analizleri üzerindeki etkilerini değerlendirmek amacıyla, MCF-10A ve MDA-MB-231 meme hücre hatları kullanılarak sekretom analizleri yapılmıştır. Nükleer proteom analizleri, önceki çalışmalarda üretilen ham MS verileri kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Gözden geçirilmiş (reviewed), gözden geçirilmemiş (unreviewed) ve hücre altı proteomuna özgü veri bankaları sistematik olarak analiz edilmiş ve veri tabınının LC-MS/MS sonuçları üzerindeki etkisini değerlendirmek için karşılaştırılmıştır. Sonuçlar, veri bankası seçiminin proteomik verilerin şeffaflığı, tutarlılığı ve nicel güvenilirliği açısından kritik bir rol oynadığını göstermektedir.
