Ufuk Mert, Deniz Ece, Kerem Güngör, Tolga Coşkun, Uygar Alaman, Gökhan Gurur Gökmen, Ayşe Caner
Journal of Biotechnology and Strategic Health Research - 2025;9(2):114-123
Amaç Staphylococcus aureus (S. aureus) enfeksiyonun kontrolü için konakçı-patojen etkileşimlerinin anlaşılması ve yeni hedeflerin tanımlanması gerekmektedir. Son yıllarda kodlamayan RNA sınıfından olan halkasal RNA'lar (circRNA), stabil yapıları ve dairesel konfigürasyonları ile biyolojik mekanizmalarda önemli rol oynamakta, vücut sıvılarında ve dokularında bulunmaktadır. Bu çalışma, S. aureus ile enfekte edilmiş makrofajlarda circRNA ekspresyon profilini inceleyerek konakçı-patojen etkileşimlerinde circRNA'ların potansiyel rolünü araştırmayı amaçlamıştır. Gereç ve Yöntem Makrofaj modeli oluşturmak için THP-1 insan monosit hücreleri kullanılmıştır. THP-1 hücreleri, Phorbol 12-miristat 13-acetat (PMA) ile makrofajlara farklılaştırılmıştır. Daha sonra, THP-1 türev makrofajlar, S. aureus ATCC 6538P suşu ile 1:25, 1:100 ve 1:250 oranlarında enfekte edilmiştir. Enfeksiyon sonrası hücre dışındaki bakteriler elimine etmek için gentamisin uygulanmıştır. Makrofajlardan RNA izolasyonu Trizol reaktifi kullanılarak yapılmış ve cDNA sentezlenmiştir. Belirlenen 15 adet circRNA geninin ekspresyon seviyeleri RT-qPCR ile analiz edilmiştir. Gen Ontolojisi (GO) analizleri ile circRNA'ların moleküler biyolojik süreçlerdeki rolleri değerlendirilmiştir. Bulgular THP-1 hücreleri makrofajlara başarılı bir şekilde farklılaştırılmış ve makrofaj-enfeksiyon modeli oluşturulmuştur. Enfeksiyon oranı arttıkça total RNA konsantrasyonlarında azalma tespit edilmiştir. RT-qPCR sonuçlarına göre 11 farklı circRNA geninin deney gruplarının en az birinde ifade edildiği belirlenmiştir. Özellikle, hsa_circ_0001821 geninin 1:25 enfeksiyon oranında azaldığı (p<0.01), hsa_circ_000869 ifadesinin 1:250 enfeksiyon oranında belirgin bir şekilde arttığı (p<0.0001) ve hsa_circ_0014130 ifadesinin 1:250 enfeksiyon durumunda azaldığı (p<0.0001) tespit edilmiştir. GO analizleri, enfeksiyon ile ilgili circRNA'ların RNA/mRNA-hücresel katabolik süreçlerin düzenlenmesinde ve hücre proliferasyonunda rolleri olduğu göstermektedir. Sonuç Bu çalışma, S. aureus enfeksiyonuna maruz kalan makrofajlarda circRNA ekspresyon profillerinin doza bağımlı olarak değişebileceğini ortaya koymuştur. Özellikle circRNA'ların konakçı-patojen etkileşimlerinin anlaşılması ve yeni tanı/tedavi stratejilerinin geliştirilmesi için önemli bir temel oluşturmaktadır.
