Erkut TAMTÜRK, Serap YALÇIN AZARKAN
Uludağ Üniversitesi Tıp Fakültesi Dergisi - 2025;51(3):585-591
Moleküler biyolojide in silico çalışmalar, son yıllarda özellikle biyomedikal araştırmalarda deneysel süreçleri hızlandıran ve ekonomik avantaj sağlayan yöntemlerden biri olarak öne çıkmaktadır. Bilgisayar destekli bir yaklaşım olan in silico yöntemler; kanser araştırmalarında yeni hedeflerin belirlenmesi, moleküler etkileşimlerin görselleştirilerek analiz edilmesi ve kimyasal bileşiklerin ilaç adayı potansiyellerinin değerlendirilmesi gibi temel alanlarda önemli katkılar sunmaktadır. Bu çalışmanın amacı, talidomid ve analoglarının (lenalidomid, pomalidomid) kanserle ilişkili BCL-2 ve BRCA1 proteinleriyle etkileşimlerini in silico yöntemlerle analiz ederek potansiyel inhibitör adayların belirlenmesidir. Moleküler docking analizleri AutoDock Vina ile, moleküler dinamik (MD) simülasyonları ise WebGro moleküler dinamik hesaplama sitesi kullanılarak 50 ns süreyle yürütülmüştür. Sistem kararlılığı RMSD, RMSF ve Rg analizleriyle değerlendirilmiştir. Docking sonuçlarına göre, BCL-2 proteiniyle talidomid, lenalidomid ve pomalidomidin bağlanma enerjileri sırasıyla -6,8, -6,6 ve -6,7 kcal/mol'dir. BRCA1 proteiniyle talidomid -5,3, lenalidomid -6,7, pomalidomid -5,5 olarak hesaplanmıştır. MD simülasyonları hem serbest proteinlerin hem de protein-ligand komplekslerinin kompakt ve kararlı yapılarını koruduğunu göstermiştir. RMSD değerlerinin 0,3-0,5 nm aralığında sabitlenmesi, sistemlerin dinamik stabilitesini desteklemiştir. Özellikle talidomid ve lenalidomidin BCL-2 komplekslerinde yapısal stabiliteyi artırdığı belirlenmiştir. Sonuç olarak, talidomid türevlerinin BCL-2 ve BRCA1 proteinlerine orta düzeyde bağlanma afinitesi ve kompleks stabilitesi göstermesi, bu bileşiklerin anti-kanser terapötik ajan adayları olarak değerlendirilebileceğini ortaya koymaktadır. Gelecekteki in vitro ve in vivo çalışmalar bu bulguların biyolojik geçerliliğini güçlendirecektir.
