Ayşenur Özer, Zafer Ömer Özdemir
Bütünleyici ve Anadolu Tıbbı Dergisi - 2026;7(1):34-45
Amaç: Bu sistematik derlemenin amacı; terapötik açıdan önemli beş enzimde (monoamin oksidaz [MAO], lipoksijenaz [LOX], siklooksijenaz [COX], anjiyotensin dönüştürücü enzim [ACE] ve üreaz) substrat/inhibitör erişim tünellerinin hesaplamalı haritalanmasına ilişkin literatürü PRISMA kılavuzu çerçevesinde sistematik olarak değerlendirmek ve tünel geometrisi ile doğal ürün kaynaklı inhibitörlerin bağlanma kinetiği arasındaki korelasyonu ortaya koymaktır. Gereç ve yöntem: Sistematik tarama; PubMed, Scopus, Web of Science ve Google Scholar veri tabanlarında, 1 Ocak 2000 ile 31 Mart 2025 tarihleri arasında yayımlanan İngilizce ve Türkçe makaleleri kapsayacak şekilde gerçekleştirilmiştir. Arama stratejisi; hedef enzim adları (MAO, LOX, COX, ACE, üreaz) ile "access tunnel", "ligand egress", "CAVER", "molecular dynamics", "natural product inhibitor" ve "bottleneck" anahtar kelimelerinin Boolean operatörleri kullanılarak kombinasyonlarından oluşturulmuştur. Çalışma sürecinde PRISMA 2020 kontrol listesine tam uyum sağlanmıştır. Metot bölümünde tanımlanan ikincil protokol çerçevesinde, Anadolu tıbbi bitkilerine dair spesifik literatür manuel olarak kategorize edilmiş ve analiz kapsamına entegre edilmiştir. Bulgular: Toplam 2.847 kayıt taranmış ve kriterlere uygun 89 çalışma dahil edilmiştir. İncelenen tüm enzimlerin 1,2 -2,3 Å aralığında darboğaz yarıçapına sahip dinamik kapılı tünelleri olduğu belirlenmiştir. Doğal ürün inhibitörlerinin (kurkumin, kuersetin, berberin, baikalein, harmalin, gingerol, oleuropein, allisin, AKBA, resveratrol) tünel geometrisi ile uyumlu farmakokinetik profiller sergilediği görülmüştür. Özellikle COX-2 enziminde; darboğaz yarıçapı ile kalış süresi arasında ters bir korelasyon (nite liksel bir ters ilişki) gözlenmiştir. Sonuç: Enzim erişim tünellerinin geometrik ve fizikokimyasal özellikleri, doğal ürün kaynaklı inhibitörlerin etkinliğini doğrudan etkilemektedir. Bu sistematik derleme, bütünleyici tıp perspektifinden hesaplamalı enzimoloji ile fitoterapi arasında moleküler bir köprü kurarak, geleneksel tıpta kullanılan bitkisel bileşiklerin etki mekanizmalarına açıklama getirmektedir.
